Chi phí ban đầu khi thuê nhà ở Nhật thường làm người mới bất ngờ, vì nó gấp nhiều lần tiền thuê một tháng. Biết trước các khoản giúp tính đúng số tiền cần chuẩn bị.
Tiền đặt cọc là khoản giữ lại để bù chi phí sửa chữa khi trả nhà, phần còn dư được hoàn lại. Tiền lễ là khoản trả cho chủ nhà và không được hoàn lại — đây là tập quán riêng của thị trường Nhật, và ngày càng nhiều nơi bỏ khoản này.
Phí môi giới trả cho công ty bất động sản. Phí bảo lãnh trả cho công ty đứng ra bảo lãnh thay người thân — cần thiết với hầu hết người nước ngoài không có người bảo lãnh tại Nhật. Ngoài ra còn bảo hiểm cháy nổ bắt buộc và thường có phí đổi khoá.
Cộng lại, tổng chi phí ban đầu thường vào khoảng bốn tới năm lần tiền thuê một tháng. Có những nơi quảng cáo không đặt cọc không tiền lễ, nhưng cần đọc kỹ: khoản đó có thể được chuyển vào phí dọn dẹp khi trả nhà hoặc vào tiền thuê hằng tháng cao hơn.
Khi trả nhà, tranh chấp thường xoay quanh mức độ hao mòn. Hao mòn tự nhiên do sử dụng bình thường thuộc trách nhiệm chủ nhà theo hướng dẫn của Bộ Đất đai, Hạ tầng và Giao thông. Chụp ảnh toàn bộ căn hộ vào ngày nhận nhà là cách đơn giản nhất để tự bảo vệ sau này.